药师佛和药王菩萨不是同一个人，以下为两者的区别。

一、佛号不同

药师，梵名Bhais!ajyaguru；药王，梵名Bhais!ajya-ra^ja；虽然不懂梵文，但我们至少看的出二者是不一样的。

二、生日不同

不是同一代佛菩萨，药师佛的圣诞是农历九月三十；药王菩萨的圣诞是农历四月廿八。且他们所处的年代也不相同：据经典记载，至少隔了八大劫。药师佛住世时还是正法时期；而药王菩萨就已经是像法时期了。

三、世界不同

所处世界不同，境界也不一样。药师佛位于东方净琉璃世界，是东方世界的教主，已经成佛；药王菩萨位于西方净土世界，为阿弥陀佛二十五菩萨之一，世尊说其将于未来世成佛，号净眼如来。

四、职能不同

药师佛与药王菩萨都能治疗人的生理疾病与心理疾病（如：贪嗔痴）。但药师佛还能：消灾延寿；助孕妇生产，所得的孩子或财宝多饶，或形相端严，或聪明智慧，或勇健威猛；还能令一切好的愿望悉皆圆满。其广大愿力，不可一一具说。