远古的时候，在遥远的东方，有一位修行人，他在修行菩萨道时，曾经立下十二个宏大的愿望，令世人信仰他的，有所祈求，必得如愿。他的十二大愿望是：

一、愿在未来世界他得道成佛时，自己身体发光，光明照耀无量无数无边世界，他的形相庄严而令一切信仰者亦与他一样。

二、愿在未来世界成道时，他的身体如琉璃一样的清净，且光明广大，具极大功德而达完美的境地，他的光辉超过日月。令在黑暗中的众生，得到光明智慧，随心所喜欢，成就各种事业。

三、愿在未来世界成佛时，以他的无量无边智慧方便力量，令信仰者所求满足。

四、愿在未来世成佛时，令行邪道的人们转入正道中，使修习小乘者转习大乘并坚定他们的信心。

五、愿在未来世得道时，若果有无数信众，修习他的佛法，必令他们遵守戒律。假设有违犯戒律者，听到他的名号，便复得清净，不会堕落三恶道：即地狱道、饿鬼道、畜牲道。

六、愿在未来世成道时，若有残疾缺陷的病人，受到种种疾病痛苦，听到他的名号，便得痊愈完好，再无疾病苦痛。

七、愿在未来世成佛时，若有被各种疾病所扰的信众，求救无门，贫穷多苦，一听到他的名号，所有疾病皆消除而身心安乐，家境丰足，而终必能成佛。

八、愿在未来世成佛时，若有女人为恶劣环境所逼，苦恼而致厌离女身，而愿舍弃女身，听到他的名号，皆得转女成男，直至成佛。

九、愿在未来世界成佛时，令入外道的人们，脱离魔网，改邪归正，若已误信邪恶，必然引导至正确的信仰，逐渐令他们修习佛法，迅速得证道而成佛。

十、愿在未来世成佛时，若有人受刑狱的灾难及其他灾劫凌辱，受悲愁苦痛所逼，身心受苦，若听到他的名号，以他的福德威神力量，皆令受苦的人们解脱一切忧苦。

十一、愿在未来世成佛时，若有人为饥饿口渴所逼而造出种种罪恶的行为，得听到他的名号，专心诵念修持，当能得良好的饮料食物而至满足，而且从他的佛法得安乐从新做人。

十二、愿在未来世成佛时，有贫穷无衣服者，并为环境苦恼所逼，若听到他的名号，专心诵念修持，必得到心所希望，而获至满足。

这位菩萨成佛时，身体如琉璃一样，内外清澈，光明广大庄严，照耀无数世界，他的佛国名叫净琉璃，一向是清净，无苦无恶，以琉璃为土地，以金绳为道路，而房屋以七种宝物所造成，与西方极乐世界一样功德庄严。所以他的名号称为：“药师琉璃光如来”或“药师琉璃光王佛”。

从他的大愿所见，主要是救助病患无依及受难者，所以称为“消灾延寿药师佛”简称为“药师佛”。

他的形象是举右手成“施无畏”印，垂左手成“与愿”印；或右手托着一个药瓶。左右侧为“日光遍照菩萨”及“月光遍照菩萨”二大菩萨，显示他的光明遍照无量无边世界。